Sinh vật phù du sống trong các môi trường như đại dương, biển, hồ, ao. Sự dồi dào theo cấp địa phương của chúng thay đổi theo phương ngang (một lớp), phương đứng (độ sâu) và theo mùa. Nguyên nhân cơ bản của sự thay đổi này do do ảnh sự thay đổi của ánh sáng. Tất cả các hệ sinh thái của sinh vật phù du chịu ảnh hưởng bởi năng lượng mặt trời (xem hóa tổng hợp), làm cho chúng chủ yếu phát triển ở các thể nước trên mặt, và đối với các vùng địa lý và mùa có nhiều ánh sáng mặt trời.

Yếu tố làm thay đổi thứ hai là sự biến động về dinh dưỡng. Mặc dù những khu vực rộng lớn trên các đại dương thuộc vùng nhiệt đới và cận nhiệt đới có nhiều ánh sáng, nhưng chúng ít phát triển do chúng được cung cấp ít chất dinh dưỡng như nitrat, phosphat và silicat. Điều này là kết quả của sự tuần hoàn của các dòng hải lưu và sự phân tầng các lớp nước theo chiều thẳng đứng. Ở các vùng như thế, sự sinh sản sơ cấp thường diễn ra ở các độ sâu lớn hơn, mặc dù có sự suy giảm về cấp độ (do sự suy giảm ánh sáng mặt trời).

Mặc dù các hàm lượng chất dinh dưỡng đáng kể nhưng một số khu vực của đại dương được xem là không có hiệu quả (cũng được gọi là các vùng HNLC).[1] Vi chất dinh dưỡng sắt thiếu ở những vùng này, và việc bổ sung nó có thể tạo nên sự nở hoa của một số loài thực vật phù du.[2]